Преимущества дифференциального центрифугирования перед другими методами разделения клеток заключаются в следующем:

• Возможность выделять разные органеллы клетки в относительно чистом виде. 4 Это позволяет определять химический состав органелл и содержащиеся в них ферменты и на основании получаемых данных делать выводы об их функциях в клетке. 4
• Подход для грубой очистки от неживых взвешенных частиц (например, наночастиц, коллоидных частиц, вирусов). 1
• Сохранение нормального функционирования клеточных органелл во время выделения, если они не подвергаются денатурирующим условиям. 1

Кроме того, варьируя скорость и время центрифугирования, можно разделить и собрать из смеси частицы разных размеров. 2