Некоторые преимущества агарозного геля перед ПААГ в электрофорезе белков:

• Прочность агарозного геля. 1 Он образует жёсткий каркас, который придаёт гелю необходимую прочность. 3
• Крупнопористость агарозного геля. 1 Это позволяет разделять особенно крупные молекулы, в частности нуклеиновые кислоты. 1
• Мягкость агарозного геля. 1 В отличие от электрофореза на бумаге, при использовании агарозного геля не происходит инактивации белков, что позволяет определять активность отдельных фракций белков после проведения электрофореза. 1
• Простота приготовления агарозного геля. 1 Приготовление агарозного геля значительно проще, чем крахмального и полиакриламидного. 1
• Относительно небольшая продолжительность электрофореза. 1
• Относительная дешевизна метода. 1

При этом у агарозного геля есть и недостатки: ломкость геля (при концентрации менее 2%) вследствие слабых гидрофобных и водородных связей. 5