Практическое применение реципрокного анализирующего скрещивания заключается в следующем:

• Определение роли пола в наследовании признака. 1 Для этого дочерние гибриды заново соединяют с материнской и отцовской особью. 4 Результаты будут одинаковыми, если ген расположен в аутосоме, а если сцеплен с половой хромосомой, то отличия будут очевидны. 4
• Получение полных данных о генотипе исследуемой особи. 4 Метод анализирующего скрещивания используют для этого, когда генотип гибрида неизвестен. 4 Схема анализа генотипа одинакова для всех организмов, что делает метод универсальным. 4

В настоящее время, в связи с развитием молекулярной генетики, практическое значение реципрокного скрещивания снизилось. 1