Отличие условного рефлекса от инстинктивного поведения заключается в их природе и характере:

1. Условный рефлекс — это приобретённая реакция организма на определённые изменения окружающей среды, возникающая в течение жизни. 58 Для его формирования необходимо многократное совпадение во времени условного и безусловного раздражителя, причём условный раздражитель должен предшествовать безусловному. 5

2. Инстинкт — это врождённое побуждение и унаследованная схема поведения, которые заложены с рождения. 6 Инстинктивным действиям не нужно учиться, они заложены в организме с рождения и направлены на удовлетворение основных биологических потребностей. 69

Таким образом, условные рефлексы приобретаются индивидуально и изменчивы, в то время как инстинкты генетически запрограммированы и практически не могут быть изменены. 12