Отличие работы репрессоров у прокариот и эукариот заключается в следующих особенностях:

• У прокариот регуляция биосинтеза происходит на уровне транскрипции, поскольку она неразрывна с трансляцией. 1 Если белок-репрессор соединяется с оператором, то транскрипция всех структурных генов оперона становится невозможной, так как РНК-полимераза не может перемещаться по цепи ДНК. 4
• У эукариот транскрипция и трансляция пространственно разделены (транскрипция в ядре, трансляция в цитоплазме). 2 Регуляция синтеза белка осуществляется в основном на уровне трансляции, когда регуляторные вещества присоединяются к управляющим участкам. 2 При этом транскрипция может не только подавляться репрессорами, присоединёнными к операторам, но и стимулироваться активаторами, присоединёнными к энхансерам. 2
• Пространственная организация оперона у эукариот отличается от прокариот: репрессор может находиться не в том же участке хромосомы, что промотор и структурные гены, а приближаться к ним только в интерфазу при высоком уровне компактизации хромосомы. 1