Отличие подсчёта колоний микроорганизмов от микроскопического исследования заключается в том, что каждый из этих методов направлен на решение разных задач.
Подсчёт колоний микроорганизмов позволяет оценить количество присутствующих в исследуемом образце клеток на основе их способности образовывать колонии в определённых условиях питательной среды, температуры и времени. 14 При этом подсчитываются только жизнеспособные единицы. 14
Микроскопическое исследование включает приготовление мазков и препаратов для микроскопирования. 5 С его помощью можно определить некоторые морфологические признаки возбудителей (наличие ядер, жгутиков, внутриклеточных включений и т. д.), а также установить факт наличия или отсутствия микроорганизмов в образцах. 5 При этом подсчитываются все клетки, как живые, так и мёртвые. 14