Отличие научной номенклатуры от обычной классификации заключается в их природе и назначении:

1. Научная номенклатура — это совокупность научных названий, употребляемых как система. 23 Она обеспечивает однозначную связь названий, терминов, формул, схем, конструкций и условных обозначений. 2
2. Классификация — это система соподчинённых понятий (классов, объектов, явлений) в какой-либо области знания или деятельности. 14 Она составляется на основе учёта общих признаков объектов и закономерных связей между ними с целью определения места объекта в системе и позволяет ориентироваться в многообразии объектов. 4

Таким образом, основное отличие в том, что научная номенклатура обеспечивает систему однозначных наименований для всех классификационных групп, в то время как классификация сама по себе является методом систематизации знания, направленным на организацию совокупности изучаемых объектов в систему соподчинённых групп (классов) на основании их сходства в определённых сущностных свойствах. 78