В чем отличие муниципального учреждения дополнительного образования от автономного?

Возможно, имелись в виду различия между муниципальными и автономными учреждениями, а не между муниципальными учреждениями дополнительного образования и автономными.

Муниципальное учреждение — это форма собственности, при которой учредителями выступают различные муниципальные образования. web.archive.org Такие учреждения не являются собственником своего имущества, собственником выступает их учредитель. web.archive.org

Автономное учреждение — это некоммерческая организация, созданная Российской Федерацией, субъектом РФ или муниципальным образованием для выполнения работ и оказания услуг. otvet.mail.ru nsportal.ru Некоторые особенности таких учреждений:

• Ответственность по долгам. web.archive.org nsportal.ru Автономное учреждение отвечает по своим долгам всем закреплённым за ним имуществом, за исключением недвижимости и особо ценного движимого имущества, находящегося в собственности учредителя. web.archive.org nsportal.ru
• Возможность вести приносящую доход деятельность. adm-pushkino.ru nsportal.ru Автономное учреждение вправе осуществлять приносящую доходы деятельность только для достижения целей его создания и в соответствии с этими целями при условии указания такой деятельности в его учредительных документах. nsportal.ru
• Заключение гражданско-правовых договоров. nsportal.ru Автономное учреждение заключает гражданско-правовые договоры от собственного имени. nsportal.ru
• Возможность иметь только одного учредителя. web.archive.org Крупная сделка может быть заключена лишь под надзором наблюдательного совета. web.archive.org