Отличие микронуклеуса от макронуклеуса у простейших заключается в их функциях:

1. Микронуклеус (малое ядро) обеспечивает размножение. 27 Обычно диплоиден, делится путём митоза без распада ядерной оболочки. 1 При половом процессе (конъюгации) претерпевает мейоз и даёт начало гаплоидным пронуклеусам. 1
2. Макронуклеус (большое соматическое ядро) управляет жизнедеятельностью неделящейся клетки. 19 Физиологически активное ядро, связанное почти со всеми процессами жизнедеятельности инфузорий. 1 Обычно очень богат ДНК, имеет крупные размеры (длина до 1–2 мм) и часто сложную форму. 1