Отличие кислотоустойчивых и некислотоустойчивых бактерий заключается в их способности сохранять окраску при воздействии кислотами, щелочами и спиртами. 35

Кислотоустойчивые бактерии не обесцвечиваются кислотой, спиртом и щёлочью из-за слабой проницаемости клеточной стенки. 1 Это свойство обусловлено наличием в клеточной стенке липидов, миколовых кислот и оксикислот. 1 После воздействия на них кислотами и щёлочами кислотоустойчивые бактерии, в отличие от других микроорганизмов, не теряют жизнеспособности. 3

Некислотоустойчивые бактерии легко теряют окраску при обесцвечивании и окрашиваются в синий цвет. 12

Для дифференциации кислотоустойчивых и некислотоустойчивых бактерий используют метод Циля-Нильсена, при котором кислотоустойчивые бактерии окрашиваются в красный цвет, а некислотоустойчивые — в синий. 12