Основное отличие методологии исследовательских программ Лакатоса от концепции смены парадигм Куна заключается в том, как эти учёные рассматривали развитие науки. 3
Лакатос видел развитие науки не как соревнование и смену парадигм, а как конкуренцию исследовательских программ. 3 Под исследовательской программой он понимал серию последовательных теорий, объединённых набором фундаментальных идей и методологических принципов. 1 Лакатос считал, что теория никогда не фальсифицируется, а лишь заменяется другой, лучшей теорией. 3
Кун, в свою очередь, предлагал циклическую модель развития науки, где стабильные периоды нормальной науки прерываются революциями, в ходе которых одна парадигма сменяется другой. 7 По Куну, наука развивается не постепенно, а скачкообразно, путём смены качественно отличных глобальных картин окружающего мира — парадигм, посредством их ломки через научную революцию. 2
Ещё одно отличие заключается в том, что Лакатос не считал, что возникшая в ходе революции научно-исследовательская программа является завершённой и вполне оформленной. 16 По его мнению, программа выступает как проект дальнейших исследований и как проект её собственного развития и окончательного оформления. 16
Таким образом, методология Лакатоса фокусируется на конкуренции исследовательских программ и их способности предсказывать новые факты, в то время как концепция Куна акцентирует внимание на смене парадигм и циклическом характере развития науки, где важную роль играют психологические и социологические факторы. 17