Отличие генофонда одной популяции от другой заключается в специфическом наборе генов и особом соотношении частот встречаемости разных аллелей и генотипов. 1

Это происходит из-за того, что внутри популяции в результате скрещивания идёт постоянный обмен генетическим материалом, а между разными популяциями — значительно реже. 1 Кроме того, в разных условиях существования естественному отбору подвергаются разные признаки. 1

Также различия генофондов могут быть связаны с изоляцией популяций: между независимыми популяциями прекращается обмен генетической информацией, в результате чего начальные различия генофондов увеличиваются и закрепляются. 4

О составе генофонда судят по частоте встречаемости аллелей (их доли в общем числе генов, определяющих данный признак) и генотипов (их доли в общем числе особей в популяции). 1