Отличие фотофобной реакции от обычной фототаксической реакции заключается в характере движения организма в ответ на свет:

1. Фотофобная реакция — это изменение направления подвижности в ответ на относительно внезапное увеличение освещённости. 4 Классически это реакция на временное изменение интенсивности света, которое бактерия может испытывать при перемещении в ярко освещённую область. 4 Переключение направления может состоять в случайном выборе нового направления или это может быть простое изменение направления движения. 4 И то, и другое обладает эффектом отталкивания клеток от пятна неблагоприятного освещения. 4
2. Фототаксис приводит к движению к источнику света или от него, но не является реакцией на градиент освещения. 4 Фототаксис основан на затенении фоторецептора стигмой и хлоропластом, а чтобы затенение было эффективным, фоторецептор, отвечающий за фототаксис, также должен поглощать свет в коротковолновой области. 1 Фотофобная же реакция, в отличие от фототаксиса, не зависит от направления света, а значит, нет необходимости «подгонять» спектр поглощения её фоторецептора под спектральные характеристики затеняющих образований. 1