Основное отличие филэмбриогенезов от пороков развития в том, что филэмбриогенезы имеют адаптивное значение, а пороки развития снижают жизнеспособность организма. 12

Филэмбриогенезы — это отклонения от онтогенеза, характерного для предков, которые проявляются в эмбриогенезе, но имеют адаптивное значение у взрослых форм. 13 Такие изменения, будучи полезными, закрепляются естественным отбором и воспроизводятся в последующих поколениях. 1 Например, закладки волосяного покрова появляются у млекопитающих на очень ранних стадиях эмбрионального развития, но сам волосяной покров имеет значение только у взрослых организмов. 1

Пороки развития, в свою очередь, — это отклонения от программы развития, которые снижают жизнеспособность организма. 2 Часто нарушения эмбриогенеза могут приводить к формированию у высокоорганизованных особей и человека признаков, не встречающихся у них в норме и характерных для предковых групп организмов (например, трёхкамерное сердце, тазовое расположение почек у человека). 2