Некоторые отличия эвглены зелёной от инфузории-туфельки:

• Строение: эвглена зелёная устроена проще, чем инфузория-туфелька. 3 Эвглена имеет одно ядро для размножения, две сократительные вакуоли на переднем конце тела, светочувствительный глазок. 3 Инфузория-туфелька более сложно устроена: у неё два ядра (малое и большое), на поверхности тела расположено от 10 до 15 тысяч ресничек, есть клеточный рот и пищеварительная вакуоль 134.
• Передвижение: эвглена зелёная передвигается с помощью жгутика, которым «ввинчивается» в воду. 38 Инфузория-туфелька передвигается, совершая ресничками волнообразные движения, плывёт тупым концом вперёд, вращаясь вокруг оси. 13
• Питание: эвглена зелёная сочетает в себе признаки как растений, так и животных. 8 На свету она может питаться за счёт процесса фотосинтеза, в темноте и при обилии органической пищи эвглена питается гетеротрофно, поглощая органику. 28 Инфузория-туфелька питается бактериями, грибами (дрожжами), а также водорослями. 4
• Размножение: эвглена зелёная размножается путём продольного деления клетки. 8 Для инфузории-туфельки характерно бесполое размножение путём поперечного деления надвое. 7