Отличие естественных и искусственных систем классификации живых организмов заключается в том, что в искусственной классификации за основу берут один или несколько легко различимых признаков, а в естественной — пытаются использовать естественные взаимосвязи между организмами. 17

В искусственной классификации логика доминирует над классифицируемым материалом, создаётся формально стройная, чётко расчленённая система, в которой не обязательно отражаются естественные соотношения. 5 Она создаётся и применяется для решения практических задач, когда главным является удобство использования и простота. 1

В естественной классификации конкретный материал диктует логику, которая выступает лишь одним из средств, контролирующих рациональное распределение материала. 5 Не априорные принципы логики, а апостериорно установленные естественные связи определяют организацию классифицируемых объектов, сведение их в систему естественных групп, находящихся между собой в содержательных, а не просто формальных отношениях. 5