Отличие B-хромосом от основных хромосом в кариотипе заключается в их характеристиках: B-хромосомы (4 и 5 пары) — это длинные субметацентрические хромосомы, которые не различаются между собой без дифференцированного окрашивания. 13

В то время как основные хромосомы, например группа А (1–3), — большие метацентрические. 45

Некоторые B-хромосомы содержат гены, часто это гены рРНК, однако не ясно, насколько эти гены функциональны. 2 Наличие B-хромосом может влиять на биологические характеристики организмов, особенно у растений, где их наличие ассоциируется с пониженной жизнеспособностью. 2