Основные отличия автономного вуза от обычного государственного университета:

1. Структура управления. 1 В автономном учреждении должен быть создан наблюдательный совет, через который проходят ключевые вопросы функционирования и развития вуза. 3
2. Трудовые отношения и оплата труда. 1 Финансирование автономного учреждения осуществляется не по бюджетной смете, а путём выделения субсидии на выполнение государственного задания. 1 Вуз имеет право самостоятельно формировать своё штатное расписание. 1 Размер должностных окладов, надбавок и доплат зависит от объёма финансирования по субсидии и доходов, полученных от разрешённых видов деятельности. 1
3. Финансово-хозяйственная деятельность. 1 Автономное учреждение получает средства единой суммой и самостоятельно расходует их в соответствии с финансовым планом, без вмешательства учредителя и сметы расходов. 36 Оно может размещать деньги на счетах в банках, а не в федеральном казначействе, привлекать кредиты и переносить расходование средств на следующий год. 6

При этом вуз остаётся государственным учреждением, новый статус университета никак не влияет на образец диплома об образовании. 4