Некоторые отличия атомно-силового микроскопа (АСМ) от других видов сканирующих микроскопов:

• От сканирующего туннельного микроскопа. 15 В АСМ сканирование исследуемого образца происходит по «поверхности постоянной силы», а в сканирующем туннельном микроскопе — по поверхности постоянного туннельного тока. 5 В отличие от СТМ, с помощью АСМ можно исследовать как проводящие, так и непроводящие поверхности. 15
• От растрового электронного микроскопа (РЭМ). 15 В отличие от РЭМ, который даёт псевдотрёхмерное изображение поверхности образца, АСМ позволяет получить истинно трёхмерный рельеф поверхности. 15 Кроме того, для нормальной работы РЭМ требуется вакуум, в то время как большинство режимов АСМ могут быть реализованы на воздухе или даже в жидкости. 15
• От сканирующего электронного микроскопа. 3 АСМ регистрирует различные силы между зондом и образцом, позволяет получить топографию поверхности и её механические свойства. 3 В отличие от сканирующего электронного микроскопа, АСМ способен определять рельеф поверхности с разрешением от нанометра и выше. 12