Некоторые особенности строения кукушкина льна в сравнении с другими зелёными мхами:

• Размер: кукушкин лён — один из наиболее высокорослых мхов, достигает в высоту 50 см и более. 1
• Стебель: прямой, не ветвящийся, покрыт множеством листочков, которые имеют центральное ребро. 2
• Корни: отсутствуют, их роль выполняют ризоиды — нитевидные выросты, которые обеспечивают прикрепление растения к субстрату, всасывают воду и растворённые в ней минеральные вещества. 14
• Проводящая система: в стеблях кукушкина льна имеется примитивная проводящая система, образованная удлинёнными, соединёнными друг с другом клетками. 2
• Листья: на верхней поверхности листа есть вертикальные, продольные пластиночки, которые увеличивают поверхность фотосинтеза. 3
• Половые органы: кукушкин лён — двудомное растение, женские (архегонии) и мужские (антеридии) половые органы развиваются на разных растениях. 1