Особенности строения селеноцистеина: структура сходна с таковой цистеина, с тем лишь отличием, что в нём атом серы заменён на атом селена, образуя селенольную группу, депротонированную при физиологических значениях pH. 1

Свойства селеноцистеина:

• имеет более низкую, чем у цистеина, константу диссоциации и более высокий восстановительный потенциал; 1
• благодаря этим свойствам селеноцистеин задействован в белках, обладающих антиоксидантной активностью; 1
• не существует в свободном виде внутри клетки, так как его высокая реакционная активность может нанести вред клетке; 1
• в отличие от других аминокислот, встречающихся в белках, селеноцистеин не имеет своего особого кодона в генетическом коде, а особым образом кодируется кодоном UGA, который обычно является стоп-кодоном. 13