Особенность метода окрашивания кислото-щелочеустойчивых микроорганизмов по Цилю-Нильсену заключается в том, что кислотоустойчивые бактерии окрашиваются в красный цвет, а некислотоустойчивые — в синий. 1

Это происходит следующим образом: кислотоустойчивые бактерии, окрасившись фуксином, не обесцвечиваются кислотой и сохраняют красный цвет. 1 Некислотоустойчивые бактерии, легко окрасившись фуксином, обесцвечиваются кислотой и воспринимают вторичную окраску синью. 1

Метод основан на том, что в состав кислотоустойчивых бактерий входит значительное количество жиро-восковых веществ, из-за чего они трудно воспринимают краски. 1 Чтобы облегчить проникновение красителя в клетки, препарат с карболовым фуксином Циля подогревают над пламенем горелки. 4