Основные различия между Московской и Ленинградской фонологическими школами заключаются в следующем:

1. Определение фонемы. 1 В Московской фонологической школе (МФШ) фонема — это звукотип, обобщённое, идеальное представление о звуке. 1 По мнению сторонников МФШ, фонему нельзя произнести, произносятся только оттенки фонем. 1 В Ленинградской фонологической школе (ЛФШ) фонема определяется как кратчайшая (неделимая во времени) звуковая единица данного языка, способная быть в нём единственным средством различения означающих морфем и слов. 15
2. Роль фонемы в языке. 6 Представители Московской фонологической школы рассматривают фонему как связующее звено между звуковым строем языка и его морфологической системой. 6 Учёные ЛФШ считают, что фонема изолирована от других уровней языка, её предназначение — обеспечивать использование материальных явлений для образования значащих единиц языка. 6
3. Критерии объединения звуков в фонему. 7 Представители ЛФШ в основу своей теории положили фонетические критерии: в фонему объединяются звуки, которые в акустическом или артикуляционном отношении похожи и выполняют смыслоразличительную функцию. 7 Сторонники МФШ при определении фонемного состава языка исходят из морфологических критериев: фонема определяется в составе морфемы по сильной позиции. 7