Основные различия между кладистической и эволюционной таксономией:

1. Отношение к парафилетическим группам. 14 Кладисты отвергают парафилетические группы в своих классификациях, настаивая на более узком понимании монофилии. 14 Сторонники эволюционной таксономии склонны признавать их, считая разновидностью монофилетических. 14
2. Учёт темпов и модусов эволюции. 14 Эволюционная систематика основывается не только на кладистическом анализе, но и на учёте темпов и модусов эволюции отдельных ветвей, степени их дивергенции и уровне специализации. 14
3. Концепция таксона. 14 Согласно воззрениям кладистов, таксоны могут выделяться только по апоморфным признакам. 14 В то время как эволюционная таксономия допускает и плезиоморфные признаки, учитывая их значение для восстановления облика и строения анцестральных групп. 4