Основное различие между кэпом и трифосфатом на 5'-конце РНК прокариот заключается в структуре и происхождении этих структур.

Кэп характерен для эукариотических мРНК и представляет собой модифицированный рибонуклеотид — 7-метилгуанозин, соединённый 5',5'-трифосфатным мостиком с первым нуклеотидным остатком транскрипта. 23

Трифосфат — характерная структура для прокариотических мРНК. 23

Таким образом, кэпирование (присоединение кэпа) — явление, уникальное для эукариот и их вирусов, в то время как для прокариот типичен трифосфат на 5'-конце РНК. 3