Некоторые основные различия между форматами электронных книг FB2 и EPUB:

Структура файла:

• FB2 — документ представлен не архивом, а XML-файлом, в котором каждый элемент книги описывается своими тегами. 2 Например, в теге можно указать разнообразную информацию о книге — автора, дату, жанр и другое. 2
• EPUB — книга представляет собой ZIP-архив, внутри которого могут располагаться ХHTML-файлы, изображения, таблицы стилей и другие данные. 2

Возможности форматирования:

• FB2 подходит для художественной литературы, так как в нём подразумевается только логическое форматирование: каждый элемент документа описывается тегами. 1 Визуальное форматирование отсутствует: формат не содержит в себе стилевые настройки, информацию о типе и размере шрифтов. 1
• EPUB обладает более широкими возможностями, например, поддерживает формулы и некоторые другие элементы форматирования, для FB2 недоступные. 7

Сноски:

• FB2 позволяет вставлять сноски для разъяснения отдельных слов, которые будут отображаться не обязательно в конце книги, чаще всего прямо на той же странице, где расположено это слово. 1
• EPUB — сноски электронных книг в формате EPUB хранятся в отдельном HTML-файле и отображаются только в конце книги, что делает доступ к ним неудобным. 1

Объём файла:

• FB2 — файл электронной книги представлен в виде текста, а не набора пикселей, что способствует минимальному объёму занимаемой памяти. 1
• EPUB — формат включает в себя множество файлов как текстовых, так и графических, что занимает больше места в памяти электронного устройства. 1

Поддержка устройств:

• FB2 — формат был изначально рассчитан на российских пользователей, и он практически не используется за границей. 6
• EPUB — международный формат электронных книг, поэтому он считается практически универсальным, его поддерживают практически все букридеры. 1