Некоторые различия между CID (диссоциация, вызванная столкновением) и HCD (высокоэнергетическая столкновительная диссоциация) в масс-спектрометрии:

• Место проведения: CID происходит в ионной ловушке, а HCD — в орбитальной ловушке. 1
• Процесс:
• CID: ионы сталкиваются с нейтральным атомом или молекулой в газовой фазе и распадаются на части. 2 Возможны два основных типа CID: лучевой (ионы-предшественники фрагментируются в процессе полёта) и типа ионной ловушки (ионы-предшественники сначала захватываются, а затем фрагментируются). 2
• HCD: фрагментация происходит вне ионной ловушки, в ячейке HCD. 2 Ионы не испытывают долгой серии «уравновешивающих» столкновений с молекулами газа, им очень быстро придают один большой объём энергии. 5
• Количество продуктов фрагментации: при использовании HCD на неорганических молекулах наблюдается больше продуктов фрагментации, чем при использовании только CID. 5 Это связано с тем, что ионы не имеют времени на уравновешивание, поэтому может быть разрушено больше связей. 5
• Воспроизводимость спектров: спектры разбиения, полученные в режиме фрагментации CID, характеризуются лучшей воспроизводимостью. 1

CID — более общий термин в масс-спектрометрии, чем HCD. 5 При анализе некоторых веществ, например микроцистинов, целесообразно применять оба режима фрагментации, так как они могут взаимно дополнять друг друга. 1