Некоторые недостатки индекса Хирша:

• Учёт цитирований не всех статей. 1 Это может быть критичным для учёных с большим количеством публикаций в не самой востребованной области. 1
• Отсутствие учёта количества авторов. 1 Вклад в исследование разный, если исследователь работает один или с небольшой командой, или принял участие в большом международном исследовании с 50 соавторами. 1
• Невозможность сравнить результативность работы учёных из разных областей науки. 1 Например, цитирование в биологии и медицине гораздо выше, чем, например, в физике и математике. 2
• Искусственное завышение показателя. 1 Например, исследователи стремятся публиковать статьи в наиболее читаемых журналах с более высоким индексом цитирования, чтобы увеличить число цитирований. 1
• Не учёт исключительных случаев. 2 Когда конкретный труд оказал огромное влияние на науку, но при этом общее количество публикаций автора не так велико. 2