Да, астронавты, летающие к МКС на «Союзах», умеют управлять этими кораблями. 13

Перед полётом экипажи осваивают управление «Союзом» в подмосковном Центре подготовки космонавтов в Звёздном городке. 1 На космодроме они впервые «опробуют» настоящий корабль и управляют его движениями, глядя в иллюминаторы. 1

Например, иллюминаторы в бытовом отсеке расположены таким образом, чтобы космонавт смог вручную пристыковать корабль к станции, если автоматическая стыковка почему-либо будет невозможна. 1 Для этого пилот крепит к определённому месту на стене бытового отсека специальные ручки. 1

Также в случае нештатной ситуации командир корабля может взять управление в свои руки. 3