Клоака сохраняется у некоторых современных позвоночных животных:

• Из рыб клоаку имеют только акулы, скаты и двоякодышащие. 1
• Все земноводные, пресмыкающиеся и птицы также обладают этим органом. 12
• Из современных млекопитающих — только однопроходные и афросорициды. 1

У остальных млекопитающих клоака имеется только в начале зародышевого развития, позже она разделяется на мочеполовой синус и конечный отдел прямой кишки, открывающиеся наружу самостоятельными отверстиями: мочеполовым и заднепроходным (анальным). 1

Также клоака сохранилась у некоторых видов крокодилов. 4