Некоторые трудности, с которыми сталкиваются современные палеонтологи при изучении древних организмов:

• Недостаток информации. 1 Как правило, учёные находят отдельные кости или фрагменты костей, и сложно установить, какому древнему животному принадлежала та или иная кость и где она находилась в скелете. 1
• Сложности с определением пола и возраста особей. 1 Например, у динозавров не всегда можно определить половую принадлежность, так как в ископаемом состоянии не видны некоторые признаки, по которым можно отличить самцов и самок у современных животных. 1 Также сложно определить возраст особи на момент гибели, так как характерные черты не всегда отражены на ископаемых останках, а современных аналогов, с которыми можно сравнить, нет. 1
• Перезахоронение (переотложение) более древних ископаемых в молодых породах. 2 Например, когда волны разбивают прибрежную скалу, сложенную древними осадочными породами, доисторическая окаменевшая ракушка, вымытая из этой скалы, смешивается с современными ракушками на морском дне. 2
• Тафономические проблемы. 4 Они приводят к невозможности повсеместного получения ископаемого материала даже теоретически. 4 Например, значительные водораздельные площади обитания видов, как правило, оказываются исключёнными из мест возможного захоронения их остатков из-за отсутствия осадконакопления. 4