С точки зрения биоэтики, общественность связывает с генетической паспортизацией следующие опасения:

• Утечка информации. 1 Предполагается, что сведения о генетическом паспорте будут конфиденциальными, но никто не может гарантировать, что не произойдёт утечки. 1

• Эксперименты по трансгенозу. 1 Создание организмов с пересаженными от других видов генами и распространение таких в окружающей среде — также вызывает опасения из-за необратимости процесса. 1

• Навязывание обществу неких генетических норм. 2 При массовом генетическом тестировании по мере уточнения данных о норме и патологии может возникнуть проблема навязывания обществу «улучшения» генома, что по сути может быть евгеническим отбором. 2

• Использование генетической информации для дискриминации. 2 Страховые компании могут воспользоваться информацией о генетических заболеваниях для отказа в медицинском страховании. 2

Генетическая паспортизация должна осуществляться в соответствии с принципами автономии личности, конфиденциальности полученных данных, правдивости и информированного добровольного согласия. 3