Некоторые преимущества световой микроскопии перед электронной:

• Возможность рассматривать живые клетки. 14 В световой микроскоп можно наблюдать движение цитоплазмы с органоидами, стадии деления клетки. 5
• Цветное изображение. 15
• Относительно несложная подготовка препарата. 1
• Простота работы с прибором. 4 Не нужно сложных навыков владения устройством. 1
• Сравнительно низкая стоимость. 14

Преимущества электронной микроскопии: можно увидеть строение всех органоидов клетки, например внутреннее строение хлоропластов и митохондрий, рибосом, центриолей и микротрубочек. 1

Однако у каждого из этих методов есть и свои недостатки: для световой микроскопии характерны ограниченные возможности — можно увидеть лишь относительно крупные объекты в клетке, а для электронной — требуется более сложная подготовка образцов, включая создание тонких срезов или покрытие образца тонким слоем металла. 13