Некоторые причины, по которым подвергается критике звуковой метод обучения грамоте:

• Бедность материала для чтения. 1 Слова и предложения для чтения ограничены количеством пройденных букв. 1
• Оперирование отвлечёнными единицами. 1 Звук и буква предъявляются изолированно, вне текста, что придаёт процессу обучения грамоте абстрактный характер. 1
• Трудности со слиянием звуков при чтении слогов и слов. 1 Обучающимся не хватает учебного материала для разгадки «тайны слияния», из-за чего процесс обучения искусственно отягощается. 1
• Спорность метода для языков, в которых правописание и произношение связаны плохо, например английского. 4

Также критики отмечают, что звуковое обучение выглядит достаточно жёстким: учитель даёт классу много прямых инструкций, что и как делать, и нужно повторять много однотипных действий. 2