Звук йот считается отдельной фонемой русского языка, потому что он имеет определённые особенности в обозначении на письме: 5

• В начале слова перед гласной и между гласными фонема йот вместе с последующими гласными фонемами обозначается буквами я, ю, е, ё. 5 Например: яма, юг, ель, ёж, моя, мою, моей, моё. 5
• После согласной перед гласной фонема йот вместе с последующей гласной обозначается буквами я, ю, е, ё, и, перед которыми пишется разделительный ь или ъ. 5 Например: изъян, ладью, судье, подъезд, побьём, объём, чьи. 5
• После гласной перед согласной и на конце слова йот обозначается буквой й. 5 Например: стройка, чайник, мой. 5

Таким образом, в зависимости от позиции в слове йотированные буквы могут обозначать либо один звук (одну фонему), либо два звука (две фонемы). 1