Почему звук [е] часто не обозначают отдельной буквой в транскрипции русского языка?

Звук [е] не обозначают отдельной буквой в транскрипции русского языка, потому что буквы «е», «ё», «ю», «я» в разных позициях могут обозначать один или два звука. spravochnick.ru resh.edu.ru

Например, буква «е» может обозначать разные звуки в зависимости от позиции в слове: obrazovaka.ru

• Под ударением после парного по твёрдости-мягкости согласного. obrazovaka.ru Звук [э] и мягкость произношения предшествующего согласного. obrazovaka.ru Примеры: лес, тень, деньги, белый, мел. obrazovaka.ru
• В иностранных именах и фамилиях, в иноязычных словах. obrazovaka.ru Звук [э], не влияющий на произношение стоящего впереди согласного. obrazovaka.ru
• После гласного звука, после Ъ и Ь знаков, в начале слова. obrazovaka.ru Двойной звук (его ещё называют йотированным) — сочетание [й] и [э]. obrazovaka.ru Примеры: премьер [пр’эм’йэр], ехать [йэхат’], съесть [с’йэст’]. obrazovaka.ru
• В безударной позиции после парного по твёрдости-мягкости согласного. obrazovaka.ru Что-то среднее между звуками [и] и [э]. obrazovaka.ru В школе его чаще всего обозначают как [и], а на филфаках в вузах как [и/э]. obrazovaka.ru
• После всегда твёрдых согласных Ш, Ж, Ц не под ударением. obrazovaka.ru Звук [ы]. obrazovaka.ru Примеры: шептать [шыптат’], жевать [жыват’], целовать [цылават’]. obrazovaka.ru