Есть несколько теорий, объясняющих, почему змеи эволюционно потеряли конечности, а ящерицы нет.

Одна из версий — переход к водному образу жизни. 1 Предполагают, что предки змей могли изначально вернуться в воду, где потеряли ноги, а потом уже как змеи начали заново осваивать сушу. 1

Ещё одна версия — адаптация к жизни в среде, похожей на пустыни с сыпучими песками, частыми ветрами и песчаными бурями. 4 Тело предков змей стало удлиняться и уменьшать своё «поперечное сечение». 4 Затем изменилось строение черепа и постепенно исчезли конечности. 4

Третья версия — переход к подземному образу жизни. 1 Обтекаемая форма тела и сцепление с поверхностью всем брюхом лучше подошли для жизни в норах. 1

Кроме того, учёные считают, что потеря конечностей у змей произошла из-за генетических мутаций — изменений гена, контролирующего активность других генов, ответственных за формирование конечностей. 2

Таким образом, причины эволюции змей и ящериц различаются и включают разные факторы.