Жгутиковые считаются одними из самых древних одноклеточных организмов, потому что учёные считают, что древние жгутиковые жили на Земле 1,5 млрд лет назад. 1

Также в пользу этого свидетельствует относительная простота их организации. 5 Слаборазвитый внутренний скелет клетки не обеспечивает постоянства формы тела или позволяет поддерживать её только на некоторых этапах жизненного цикла, а также отсутствуют органоиды специального назначения, характерные для других одноклеточных животных. 5

Кроме того, жгутиковые, имеющие хлоропласты, занимают промежуточное положение между одноклеточными водорослями и одноклеточными животными, что говорит о родстве и общности происхождения этих организмов от древнейших жгутиковых. 13