Жаберные щели сохранились не только у некоторых вторичноротых животных, а это общая черта всех основных групп вторичноротых. 1 Вероятно, они были унаследованы от общего предка этой эволюционной ветви. 2

По одной из гипотез, в процессе эволюции в нескольких передних сегментах туловища произошло слияние целомодуктов с карманами кишки. 1 Это позволило выводить продукты обмена веществ не только прямо наружу, но и через кишечник. 1 В результате карманы кишки получили выход наружу через дистальные части целомодуктов, что и стало моментом образования жаберных щелей. 1

В дальнейшем жаберные структуры приобрели дыхательную функцию, которая и стала у них главной. 1 Связь с выделительной системой сохранил только самый передний жаберный мешок, в который впадает воротничковый целомодукт. 1 У хордовых выделительные органы окончательно потеряли прямую связь с жаберными щелями. 1

У наземных позвоночных во взрослом состоянии жаберных щелей нет, но элементы жаберного скелета сохраняются. 2