Запятая ставится не после слова «что», а перед ним, когда «что» — часть составного подчинительного союза. 2
Это связано с тем, что «что» в таком случае является союзом или союзным словом и связывает главное и придаточное предложение. 2
Некоторые примеры составных союзов, в которых «что» — часть: «потому что», «оттого что», «ввиду того что», «благодаря тому что» и другие. 3