Запасы филлофоры в Чёрном море сократились в 1000 раз по сравнению с исходными показателями по нескольким причинам: 1

• Активный промысел в 1960–1980-е годы. 1 Добыча проводилась донными тралами, которые выгребали всё подряд — и рыбу, и водоросли. 2 Поднятые тралом водоросли и беспозвоночные тоннами выбрасывались за борт, где, опускаясь на дно, погибали, разлагались и отравляли всё живое. 2
• Загрязнение Чёрного моря органическими веществами. 5 «Зелёная революция» в Европе и химизация сельского хозяйства в СССР вызвали сток загрязняющих веществ (пестицидов, нефтепродуктов, тяжёлых металлов и т. д.) с реками Дунай и Днепр. 1
• Эвтрофирование вод. 3 Чрезмерное поступление органических веществ и минеральных удобрений приводило к вспышке развития фитопланктона с последующей его гибелью, возникновению зон гипоксии и заморных явлений. 3
• Наличие в толще воды большого количества взвешенных веществ. 3 Это препятствовало проникновению в толщу воды солнечных лучей, что нарушало процесс фотосинтеза бентосных водорослей. 3
• Вселение гребневика-мнемиопсиса в конце 1980-х годов. 1 Это животное внесло дисбаланс в уже деформированную экосистему. 1

Кроме того, на сокращение запасов филлофоры повлияли климатические изменения: повышение температуры, снижение прозрачности воды, увеличение площадей, подверженных заморным явлениям. 12