Закон независимого наследования может не проявляться при определённых условиях, если гены, отвечающие за признаки, расположены в одной хромосоме. 12 В этом случае они наследуются совместно, то есть проявляют сцепление между собой, и закон независимого наследования признаков уже не действует. 1

Например, если гены, отвечающие за окраску и форму семян гороха находились в одной хромосоме, то гибриды первого поколения могли бы образовывать гаметы только двух типов (AB и ab), так как в процессе мейоза независимо друг от друга расходятся родительские хромосомы, но не отдельные гены. 1

Однако закон независимого наследования может проявляться и в случае, когда гены расположены в разных парах гомологичных хромосом. 2 В этом случае они попадают в разные гаметы. 2