Закон Геккеля — Мюллера считается устаревшим из-за выявленных несовершенств и критики, которой он подвергался с XIX века. 3

Некоторые причины устаревания закона:

• Особь не повторяет все этапы эволюции. 3 Индивидуальное развитие происходит в сжатой форме. 13
• Сходство наблюдается не у эмбрионов и взрослых особей, а у двух разных эмбрионов на определённом этапе развития. 3
• Выявлены факты, противоречащие закону, например, неотения (укорочение онтогенеза и выпадение его конечных стадий). 23
• Обнаружены значительные различия на стадиях бластулы и гаструлы у позвоночных, сходство наблюдается на более поздних стадиях. 3
• Выявлены ошибки в иллюстрациях, которые Геккель использовал для поддержки своего закона. 5 Учёного обвиняли в манипуляции данными и искажениях. 5
• Закон не имеет общей теоретической основы, так как многие биологи и исследователи пришли к выводу, что отношения между эмбриональным и филогенетическим развитием более сложны. 5

В результате закон Геккеля — Мюллера стал рассматриваться с большой осторожностью, и его ценность в научных терминах была серьёзно подорвана. 5