Закон Геккеля — Мюллера, утверждающий, что онтогенез (индивидуальное развитие организма) есть краткое повторение филогенеза (исторического развития вида), не является точным объяснением эмбрионального развития по нескольким причинам: 25

• Неполное повторение. 5 Эмбрионы проходят через стадии, которые напоминают стадии развития предков, но это не точное воспроизведение. 5
• Изменения в развитии. 5 В ходе эволюции развитие может меняться, что приводит к отклонениям от прямого повторения филогенеза. 5
• Ошибки в иллюстрациях. 2 Геккель использовал иллюстрации, представляющие эмбриональное развитие различных видов, но сталкивался с обвинениями в манипуляции данными и существенных искажениях. 2
• Избирательный выбор иллюстраций. 2 Геккель выбирал примеры, которые наилучшим образом соответствовали его идеям, пренебрегая теми, которые не так хорошо подходили под его теорию. 2
• Отсутствие общей теоретической основы. 2 Многие биологи и исследователи пришли к выводу, что отношения между эмбриональным и филогенетическим развитием более сложны и не могут быть сведены к простому правилу «онтогенез повторяет филогенез». 2

В современной биологии закон Геккеля — Мюллера считается устаревшим и упрощённым. 5