Несколько причин, по которым Y-хромосома не остаётся неизменной в ходе эволюции млекопитающих:

• Неустойчивость к мутациям. 3 Обычный механизм «починки» генов даёт сбой на Y-хромосоме, открывая путь новым мутациям. 3 Статистически большее количество из них закрепляются и меняют геном. 3
• Более сильное давление отбора. 3 Это определяется функцией Y-хромосомы — производством половых клеток. 3 Любые выгодные мутации закрепляются с большей степенью вероятности, так как они действуют напрямую — повышая способность к размножению особи. 3
• Отсутствие пары для сравнения. 4 У новой Y-хромосомы не оказалось запасной копии, сравнение с которой помогало бы исправить ошибки, поэтому она стала меняться и эволюционировать очень быстро. 4

Однако есть и факторы, которые помогают Y-хромосоме сохранять своё существование: например, палиндромные повторы некоторых участков ДНК, которые позволяют ей обходить проблемы с рекомбинацией, или гены, которые при образовании половых клеток меняют пространственную конфигурацию хромосомы и помогают безболезненно пройти сложный процесс мейотического деления. 1