Ятрышник относится к редким видам растений по нескольким причинам:

• Медленное размножение. 1 Для прорастания семян ятрышника необходима особая взаимосвязь (симбиоз) с мицелием определённых грибов. 1
• Отсутствие конкуренции. 1 Растение предпочитает расти на свободных от активно разрастающихся трав пространствах. 1
• Бесконтрольный сбор и заготовка лечебного сырья. 5 Это приводит к сокращению популяции ятрышника. 35

Большинство видов ятрышников занесено в Красную книгу России, США и многих европейских стран. 5 Например, ятрышник пятнистый встречается на лугах Средней полосы всё реже. 1

Также к причинам редкости относят широкую распашку и мелиорацию земель, повышенное рекреационное воздействие и сбор растений населением с различными целями. 3