Взаимодействие генов при эпистазе может вызывать неожиданные результаты по нескольким причинам:

• Отклонения от классического расщепления фенотипов. 1 Эпистатическое взаимодействие генов приводит к различным отклонениям от стандартного расщепления 9 : 3 : 3 : 1 при дигибридном скрещивании. 1
• Немонотонная природа системы. 2 Из-за неё сочетание двух мутаций часто может привести к неожиданным результатам. 2 Например, если в клетке не будет экспрессироваться нормальная форма одного из ферментов, то не будет образовываться промежуточный продукт, служащий субстратом для последующих стадий. 1 В результате выработки нормального продукта пути не будет вне зависимости от того, какими аллелями представлены гены ферментов, катализирующих последующие стадии. 1
• Знаковый эпистаз. 2 Возникает, когда эффект одной мутации полностью меняет направление с положительного на отрицательное и наоборот, в пределах изменённого генетического фона. 2 Это явление может проявляться внутри одного гена или между разными генами. 2