Выбор длины ридов важен при картировании транскриптома, потому что длинные риды упрощают сборку и обеспечивают глубину секвенирования. 5

Некоторые преимущества длинных ридов:

• Однозначная локализация. 14 Для идентификации ридов с межэкзонной локализацией необходима последовательность определённой длины, которая прилегает к стыку сайта сплайсинга. 14 По мере увеличения протяжённости рида вероятность попадания стыка сайта сплайсинга в зоны рида, не позволяющие однозначно локализовать последовательность, уменьшается. 14
• Разрешение повторов. 23 Чем длиннее риды, тем больше повторов можно разрешить. 23
• Разрешение участков с ошибками. 3 Длинные риды позволяют разрешать участки с ошибками. 3

Например, при изучении транскриптома мозга рекомендуют использовать технологии секвенирования, дающие длины ридов не менее 75 пар нуклеотидов. 14