Вторичная структура ДНК сохраняет стабильность благодаря комплементарным взаимодействиям пиримидиновых и пуриновых оснований, потому что это позволяет удерживать полинуклеотидные цепи относительно друг друга за счёт водородных связей. 4
Образование водородных связей между комплементарными парами оснований обусловлено их пространственным соответствием. 1 Например, пуриновым основаниям аденину и гуанину в одной цепи соответствуют пиримидиновые основания тимин и цитозин в другой цепи. 1 Между аденином и тимином образуются две водородные связи, между гуанином и цитозином — три. 3
Кроме того, гидрофобные взаимодействия между основаниями двухцепочечной молекулы в стопке также стабилизируют двойную спираль, преодолевая силы электростатического отталкивания между отрицательно заряженными фосфатными группами. 24