Различные фенотипические проявления аллелей возникают из-за взаимодействия аллельных генов в рамках генотипической системы организма. 12

Некоторые типы такого взаимодействия и их влияние на проявление признаков:

• Полное доминирование. 4 Один аллельный ген проявляется и полностью подавляет другой. 4 Например, при проявлении цвета семян гороха. 4
• Неполное доминирование. 4 Доминантный аллель лишь частично подавляет рецессивный. 4 В результате в фенотипе проявляется промежуточное значение признака. 4 Пример — цвет цветков ночной красавицы с генотипом AA (красный), aa (белый), Aa (розовый). 4
• Кодоминирование. 4 Два аллельных гена, оказавшись в одном организме, полностью проявляют себя. 4 Ни один из них никак не подавляет другой. 4 В итоге в организме синтезируется два разных белка, определяющих один и тот же признак. 4
• Сверхдоминирование. 4 У гетерозиготных особей (Aa) признак сильнее проявляется, чем у обеих гомозиготных (AA и aa). 4 Причина подобного явления лежит в сложных биохимических процессах, связанных с тем, что аллели кодируют несколько разные, но аналогичные по своим функциям полипептиды. 4
• Множественный аллелизм. 12 В каждом организме есть два аллельных гена, при этом самих аллелей может быть больше двух. 2 При таком раскладе только одна пара аллелей может проявлять фенотипические признаки: другие гены не задействуются. 2

Кроме того, на фенотип существенно влияет взаимодействие генотипа и окружающей среды. 1 Организмы могут иметь один генотип, но при этом обладать фенотипическими различиями. 1